По време на правителството на Обединените демократични сили (1997-2001) с премиер Иван Костов присъствието на агенти на бившата Държавна сигурност на ръководни постове в Министерството на икономиката е най-масирано.

Това показват данните от проверката (решение №2-89 от 17 октомври 2012 г.) за принадлежност към комунистическите тайни служби на ръководните служители в администрацията Министерство на икономиката, енергетиката и туризма.

От обявения списък с 45 имена на сътрудници на бившата ДС или на Разузнавателното управление на Генералния щаб на БНА 19 души за заемали ръководни постове именно по време на кабинета Костов. За други четирима данните сочат, че са заемали подобни постове в същия период, но за кратко време.

За сравнение назначенията на агенти на ДС след 2001 г. в Министерство на икономиката, енергетиката и туризма са само шест. .

Това е вторият случай, при който се отчита такова видимо присъствие на агенти на ДС в конкретна държавна институция при правителството на Иван Костов след Агенция „Митници”. Отделно от този факт кабинетът Костов с външен министър Надежда Михайлова е на трето място по брой на назначени дипломати – агенти след това на Станишев с министър на външните работи Ивайло Калфин и кабинета Сакскобургготски с външен министър Соломон Паси.

Проверката Министерство на икономиката, енергетиката и туризма е обхванала общо 535 лица, заемали или заемащи ръководни постове от началник отдел нагоре в периода 10 ноември 1989 г. – 2012 г. За 7 лица комисията не е получила необходимите данни. Обявените като сътрудници на ДС и РУ-ГЩ служители в повечето случаи са заемали постове началник отдел, началник сектор или началник направление.

Министерство на икономиката, енергетиката и туризма се нарежда на четвърто място по брой на сътрудници след МВР, МВнР и Министерството на отбраната.

Според изнесените от комисията по досиетата данни следните служители с обявена принадлежност към ДС би следвало да заемат ръководни постове към момента:

• Ели Анави – началник отдел, директор от февруари 2000 г.
• Иван Станев – началник отдел от август 1996 г.
• Росен Лазаров – началник отдел от юни 1995 г.
• Симонета Бонева – началник отдел от март 2000 г.
• Страхил Балов – началник отдел от октомври 1994 г.
• Христо Атанасов – началник отдел от май 2003 г.

В периода 1997-2001 г. по време на правителството на Иван Костов днешното Министерство на икономиката, енергетиката и туризма е разделено на две – Министерство на промишлеността, оглавявано от вицепремиера Александър Божков и Министерство на търговията и туризма с министър Валентин Василев.

През декември 1999 г. с решение на Народното събрание Министерството на промишлеността и Министерството на търговията и туризма се преобразуват в Министерство на икономиката. Тогава премиерът Иван Костов извършва смени в правителството. Новото Министерство на икономиката е оглавено от министър Петър Жотев, представен като независим икономист, срещу когото в синята партия имаше известно негодувание заради дългогодишното му членство в БКП преди 10 ноември 1989 г.

До момента комисията по досиетата е извършила и обявила проверки за принадлежност към ДС на ръководните кадри от началник отдел нагоре за периода 10 ноември 1989 г. – 2012 г. в следните министерства:

• МВР – над 1350 агенти от над 6220 проверени лица;
• Министерство на външните работи – 194 агенти от 593 проверени лица;
• Министерството на отбраната – 150 агенти от 928 проверени лица;
• Министерството на културата – 31 агенти от 313 проверени лица;
• Министерството на здравеопазването – 29 сътрудници от 1487 проверени лица;
• Министерството на транспорта, информационните технологии и съобщенията – 20 сътрудници от 245 проверени лица;
• Министерството на регионалното развитие и благоустройството – 16 агенти от 366 проверени лица;
• Министерството на труда и социалната политика – 10 сътрудници от 148 проверени лица;
• Министерство на физическото възпитание и спорта – 7 агенти от 177 проверени лица;
• Министерството на финансите – 7 агенти от 276 проверени лица.